1、向上海市食药监部门提交医疗器械经营许可证的办理申请以及相关材料，由药监部门查验申请材料是否符合基本要求，并决定是否受理。

2、进行现场审核，药监部门派一至三名的审核员到企业经营场所进行现场审核，若是不符合要求提出整改意见，企业整改之后仍不符合的给出不予许可通知。

3、发放证书，药监部门根据相关的材料决定是否给予企业发放经营许可证，并在相关网站上进行企业信息公示。无异议之后则通知企业领取医疗器械经营许可证。

医疗器械相关业务有很多种，要注意的是，企业运营的业务不同步，有的可能需要申请不同的医疗器械经营许可证，要求就各不相同，要事先了解清楚，企业需要的是哪一个，符合要求再去申请。